次氯酸钠对人体的影响与液体浓度，液体量，以及作用时间成正比，也就是说浓度越高，液体量越大，作用时间越长对人体的毒副作用越大。
毒副作用分为确定性效应与随机性效应，急性效应与慢性效应。
当次氯酸钠浓度超过5\%时，毒性随着浓度的提高明显增强，对于任何人这一条都是确定的，所以在有橡皮障的防护下，建议次氯酸钠的浓度不要高于5.25\%，不然对于医生与患者都是很大的风险。
所谓随机效应是指致敏反应与致癌性，致敏率并不随着浓度的增加而提高，也就是很低的浓度也有可能引起严重的过敏反应，但浓度提高会加重过敏程度，同时，由于具有强氧化性，所以有时利用它的这个特性来漂白。而绝大部分研究认为强氧化性是致癌的一个因素。
次氯酸钠的急性效应主要表现为肝肾等的损伤，以及氯中毒等现象，而次氯酸钠受热易发生氧化还原反应 3ClO－→ ClO3－ + 2Cl－ 氯气具有很强的毒性，如果空气中含有万分之一的氯气，就会严重影响人的健康。一般认为，空气中游离氯气的高含量也不得超过1毫克/立方米。每升大气中含有2.5毫克的氯气时，即可在几分钟内使人死亡。因为高浓度氯可引起迷走神经反射性心跳骤停或喉头痉挛。但这个浓度一般正常时候我们难以遇到，所以急性效应比较少见。
慢性效应是指慢性长期低浓度接触，对于我们牙医来说这个需要注意防护了。长期低浓度接触，可引起慢性支气管炎、支气管哮喘等呼吸系统疾病。荡洗的时候好在一旁使用强吸，避免对医护人员和患者造成损伤。另外橡皮障必不可少，并不是稀释(爱口腔)到1\%~2\%就可以直接使用在患者口内，由于次氯酸钠的刺激性，一定要禁止直接使用与患者口腔，容易造成粘膜水肿，甚至呛咳至呼吸道引起窒息……文献表明，浓度为千分之二的次氯酸钠手部接触时就需要橡胶手套防护，更别提比皮肤敏感得多的口腔黏膜了。
